今天给各位分享linux怎么打开mpi的知识,其中也会对Linux怎么打开浏览器进行解释,如果能碰巧解决你现在面临的问题,别忘了关注本站,现在开始吧!
本文目录一览:
1、如何在vmware配置linux下的mpi
虚拟机CentOS中配置MPI多节点并行计算完整版,这是一个新手教程,从一个空白的CentOS到能正常运行的基础环境,尽量详细写了每个步骤
我的环境如下:
宿主机:Windows 10 Pro
虚拟机:VMware 12 + CentOS 6.6
一、 虚拟机网络配置实现多节点互访
硬件资源有限,所以我只开了两台虚拟机均为 Centos 6.6。
1.修改网卡配置文件
/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 将其中内容修改如下:
DEVICE=eth0
HWADDR=00:0C:29:A0:3A:CA
TYPE=Ethernet
UUID=bf583745-f834-451c-890c-39821a590543
ONBOOT=yes
NM_CONTROLLED=yes
BOOTPROTO=static
IPADDR=192.168.207.128
NETMASK=255.255.255.0
DNS1=192.168.207.2
将每一台虚拟机都如此配置,IPADDR是ip地址,不要重复
2.修改网关及主机名
/etc/sysconfig/network
ETWORKING=yes
HOSTNAME=node1
NTPSERVERARGS=iburst
GATEWAY=192.168.207.2
一些文章中提到还需要修改VMware的设置(关闭本地DHCP服务),实际上,Centos 中设置好后就不需要动VMware的设置了
二、 在虚拟机中添加同名用户
在不同节点中需要有同名的用户以方便免密码SSH连接
node1和node2中以root用户执行下列命令
# useradd mpiuser
三、 实现免密码SSH登陆
当前节点为node1,用户为mpiuser,工作目录为 ~ 家目录
1.生成 SSH 私钥对
$ ssh-keygen -t rsa 一路回车就好
2.进入 .ssh 目录
$ cd ./.ssh
3.生成authorized_keys文件
$ cp id_rsa.pub authorized_keys
4.回到mpiuser的家目录
$ cd ~
5.建立本身的信任连接
$ ssh node1
6.设置 node2
$ ssh-keygen -t rsa 生成.ssh文件夹
$ scp node1:~/.ssh/* ./ 拷贝node1上的.ssh文件夹到node2
# scp node1:/etc/hosts /etc/hosts 拷贝node1上的hosts文件到node2,可能需要root权限
$ ssh node2
$ ssh node1
7.如果还有其他节点,设置方法同node2
设置成功后,在任意节点执行SSH连接其他节点都不需要密码,注意必需每个节点都有mpiuser这个用户,之所以使用一个普通用户,是为了避免root执行mpi程序时遇到风险。在一些mpi实现中,也不允许以root用户执行。
四、 配置MPI运行环境
1. 下载 mpich
官方网站 下载其中的mpich-3.2.tar.gz
2. 解压并进入目录
# tar xvf mpich-3.2.tar.gz
# cd mpich-3.2
# ./configure –prefix=/usr/local/mpich
# make
# make install
3. 设置环境变量,修改 /etc/profile ,加入下面几行代码
PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin
MANPATH=$MANPATH:/usr/local/mpich/man
export PATH MANPATH
4. 使刚刚的修改生效
# source /etc/profile
5. mpi多节点配置
新建一个配置文件
# touch /usr/local/mpich/servers
修改其中内容为:
node1:2 #在node1上运行两个进程
node2:2
如果有多个节点继续往下写
五、 单节点测试
将源码包中的 examples 拷贝到 mpich 的安装目录
# cp -r ./examples /usr/local/mpich/
用示例程序进行测试
$ mpirun -np 4 /usr/local/mpich/examples/cpi
Process 1 of 4 is on node1
Process 0 of 4 is on node1
Process 3 of 4 is on node1
Process 2 of 4 is on node1
pi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307
wall clock time = 0.081049
得到如图的回显结果证明mpich的运行环境正常
六、 多节点测试
$ mpiexec -np 4 -f /usr/local/mpich/servers /usr/local/mpich/examples/cpi
Process 1 of 4 is on node1
Process 0 of 4 is on node1
Process 3 of 4 is on node2
Process 2 of 4 is on node2
pi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307
wall clock time = 0.139722
如上,在两个节点上分别运行了两个进程,配置过程到此结束
2、怎么在linux上找到mpi
1.4.1p1.tar.gz
2.然后解压,假设解压后的目录是/home/nh/Downloads/mpich2-1.4.1p1
3.nh@55ubuntu :~$ gcc --version
4.nh@55ubuntu:~$ g++ --version
5.nh@55ubuntu:~$ python --version
确认以上都已经安装了.
6.nh@55ubuntu:~$cd /home/nh/Downloads/mpich2-1.4.1p1
7.nh@55ubuntu:~/Downloads/mpich2-1.4.1p1$ ./configure --prefix /home/nh/Downloads/mpich2
8.nh@55ubuntu:~/Downloads/mpich2-1.4.1p1$ make
9.nh@55ubuntu:~/Downloads/mpich2-1.4.1p1$ make install
10.设置环境变量
添加下面这行到/etc/profile文件的最后,然后重新起动系统使环境变量永久生效。
export PATH=/home/nh/Downloads/mpich2/bin:$PATH
11. 添加mpd配置文件
在当前用户的home目录下面新建立一个名为".mpd.conf"的配置文件,文件的内容如下应该包括下面这行:
secretword=secretword
比如:
nh@55ubuntu:~$ more .mpd.conf
secretword=nh
secretword是你的密钥,是每台机器进行连接并用建立并行环境互相信任的基础。
接下来,需要设置该文件的存取权限,这步是必须的,否则在后面的运行中会报错。
nh@55ubuntu:$ sudo chmod 600 .mpd.conf
nh@55ubuntu:$ ls -ll .mpd.conf
-rw------- 1 zzm 1003 22 2010-01-07 13:54 .mpd.conf
12.在/home/nh/下新建一个文件名为hello.c,源代码如下:
#include mpi.h
#include stdio.h
int main(int argc, char *argv[])
{
int npes, myrank;
MPI_Init(argc, argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, npes);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, myrank);
printf("From process %d out of %d, Hello World!\n", myrank, npes);
MPI_Finalize();
}
13.nh@55ubuntu:~/Downloads/mpich2/bin$ ./mpicc -o /home/nh/hello /home/nh/hello.c
14.nh@55ubuntu:~/Downloads/mpich2/bin$ ./mpirun -np 2 /home/nh/hello
From process 0 out of 2, Hello World!
From process 1 out of 2, Hello World!
3、在Linux Container里运行mpi程序
不必创建新的操作系统,lxc是在OS之上的虚拟化。从错误信息看,似乎是网络设置的问题。
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